С началом Великой Отечественной войны, в 1941 году, перед наступлением фашистских захватчиков, сотрудники санатория вместе с детьми были эвакуированы в город Молотов (ныне – г. Пермь), во время эвакуации был утрачен весь архив учреждения. При отступлении оккупанты нанесли серьезный урон территории: были уничтожены многие здания, включая усадебный дом, где размещался основной корпус санатория, а также разрушена сельхозферма.
Несмотря на тяжелые обстоятельства, уже в 1942 году санаторий возобновил свою деятельность. В двух сохранившихся домах начали жить и лечиться дети с костным туберкулезом. В 1946 году было построено еще одно деревянное одноэтажное здание на 50 коек. В 1954 году началось строительство четырехэтажных кирпичных лечебных корпусов. Первый корпус был возведен в 1960 году, затем последовали еще два корпуса. Хозяйственные строения и здания были построены в 1962–1963 годах, одновременно с ними возводился жилой поселок для сотрудников.
В начале 60‑х годов XX века в СССР стартовала масштабная программа Совета Министров по снижению заболеваемости туберкулезом. Борьба с этой болезнью и ликвидация ее как распространенного заболевания стали важнейшей государственной задачей. В рамках этой инициативы Детская туберкулезная больница № 6 была перепрофилирована в городскую туберкулезную больницу для взрослых, больных легочным туберкулезом, на 600 коек. Учреждение получило название «Загородная туберкулезная больница Мосгорздравотдела в районе г. Солнечногорска». Официальное открытие состоялось 28 декабря 1960 года.
В период с 1963 по 1980 год в больнице функционировало 800 коек – здесь лечились жители Москвы. По мере улучшения эпидемиологической ситуации по туберкулезу коечный фонд постепенно сокращался и к 1988 году составил 480 коек, причем они работали менее чем на две трети мощности. Это было связано с развитием сети стационаров при противотуберкулезных диспансерах в Москве: близость к месту проживания делала лечение в городских учреждениях более привлекательным для пациентов, и москвичи неохотно ехали в загородную больницу. Постепенно контингент больных сменился, в основном сюда стали направлять социально дезадаптированных лиц. Больница стала основной площадкой для оказания медико‑социальной помощи лицам без определенного места жительства, мигрантам из стран СНГ, беженцам и вынужденным переселенцам, страдающим туберкулезом органов дыхания.
В 1995–1998 годах, на фоне роста заболеваемости туберкулезом, коечный фонд больницы вновь был увеличен – до 700 коек. Число пролеченных пациентов также возросло вдвое: с 1500 больных в 1988 году до 2600–2700 пациентов с тяжелыми формами туберкулеза. Для размещения дополнительного числа больных пришлось переоборудовать 12 холодных веранд, которые ранее использовались для сна пациентов на открытом воздухе.
В 2015 году Туберкулезной больнице было присвоено имя выдающегося врача и ученого, профессора Александра Ефимовича Рабухина.
Руководителями учреждения в различные временные периоды были: Р.М. Давидсон (1938–1951), А.Н. Петров (1952–1954), С.И. Калинников (1955–1962), Н.Ф. Мисюлин (1962–1970), Н.С. Счастливцев (1970–1971), Л.П. Кубарева (1971–1973), Я.И. Конюшевская (1973–1978), И.А. Шишкарев (1978–1982), И.А. Михайлов (1982–1989), Ю.В. Евтушенко (1989–1994), к.м.н. Л.П. Алексеева (1994–2014), С.А. Оприщенко (2014–2021), и.о. главного врача О.Н. Герасимов (2021–2022).
С августа 2022 года по настоящее время главным врачом является А.Н. Шеремета, заместителем главного врача по медицинской части С.В. Тимакова.
В больнице занимаются не только лечебной, но и научной деятельностью: пишут статьи, участвуют в научно-практических конференциях. Врачи больницы не единожды побеждали в конкурсе научных работ молодых ученых в рамках Российского национального конгресса «Человек и лекарство». Ведется активная совместная работа со специалистами ГБУЗ «МНПЦ борьбы с туберкулезом ДЗМ» и членами МОО «Московское общество фтизиатров».
Задачи учреждения на ближайший период состоят в дальнейшем совершенствовании лечебно-диагностической работы, внедрении высокотехнологичных видов медицинской помощи и использовании новых научных методов в лечебной практике.
С момента открытия и по сей день туберкулезная больница продолжает традиции милосердия и профессионализма, заложенные основателями, она остается важным звеном противотуберкулезной службы Москвы, сочетая медицинскую помощь с социальной поддержкой наиболее уязвимых групп населения. Ее история – это живое отражение эволюции отечественной медицины в борьбе с туберкулезом: от детского санатория до современного многопрофильного стационара, способного решать сложные задачи в условиях меняющейся эпидемиологической обстановки.